在2016年5月1日之前，相關稅收法規對貨物運輸代理服務的規定較籠統，且交通運輸業服務稅率為11%，貨物運輸代理服務稅率為6%，存在較大稅率差。稅制的“先天不足”，造成國內貨物運輸代理服務“高扣低征”，由此增加諸多稅務風險。《財政部、國家稅務總局關于全面推開營業稅改征增值稅試點的通知》(財稅〔2016〕36號)中，重新定義了貨物運輸代理服務，拆分成不同服務類型，適用不同稅率，以求破解“高扣低征”等難題。

《財政部、國家稅務總局關于在全國開展交通運輸業和部分現代服務業營業稅改征增值稅試點稅收政策的通知》(財稅〔2013〕37號，全文廢止)規定，貨物運輸代理服務指接受貨物收貨人、發貨人、船舶所有人、船舶承租人或船舶經營人的委托，以委托人的名義或者以自己的名義，在不直接提供貨物運輸服務的情況下，為委托人辦理貨物運輸、船舶進出港口、聯系安排引航、靠泊、裝卸等貨物和船舶代理相關業務手續的業務活動。貨物運輸代理服務歸類為“部分現代服務業——物流輔助服務”。

《財政部、國家稅務總局關于將鐵路運輸和郵政業納入營業稅改征增值稅試點的通知》(財稅〔2013〕106號，全文廢止)繼續沿用37號文件對貨物運輸代理服務的定義和歸類，并規定試點納稅人提供知識產權代理服務、貨物運輸代理服務和代理報關服務，以其取得的全部價款和價外費用，扣除向委托方收取并代為支付的政府性基金或者行政事業性收費后的余額為銷售額。同時，增加了國際貨物運輸代理服務的定義，引入了差額征稅規定:試點納稅人中的一般納稅人提供國際貨物運輸代理服務，以其取得的全部價款和價外費用，扣除支付給國際運輸企業的國際運輸費用后的余額為銷售額。由于試點納稅人提供的國際貨物運輸代理服務免征增值稅，所以國際貨物運輸代理服務不存在“高扣低征”問題。

例1:2016年5月1日前，甲公司(一般納稅人)委托乙貨物運輸代理公司(一般納稅人)在國內運輸一批貨物，合同注明價稅合計10萬元。乙公司無運輸工具，更無貨物道路運輸許可證等相關資質，不能按交通運輸服務11%開具增值稅專用發票，需再委托實際承運人丙運輸公司(一般納稅人)完成運輸服務，支付8萬元。乙公司只能就此業務，按物流輔助服務開具稅率為6%的增值稅專用發票給甲公司，金額為10÷1.06=9.43(萬元);稅額為9.43×6%=0.57(萬元)。乙公司卻能從丙公司取得按交通運輸服務11%開具的增值稅專用發票，金額為8÷1.11=7.21(萬元);稅額為7.21×11%=0.79(萬元)。此項業務，乙公司銷項稅額0.57萬元，進項稅額0.79萬元，留抵0.79-0.57=0.22(萬元)。

財稅〔2016〕36號文件再出新招，其實是對37號文件、106號文件界定為“部分現代服務業——物流輔助服務”的貨物運輸代理服務作了重新定義，“拆分”成兩項服務，即貨物運輸服務歸為“交通運輸服務——無運輸工具承運業務，稅率11%”、代理服務歸為“現代服務——商務輔助服務——經紀代理服務，稅率6%”，一直困擾征納雙方的國內貨物運輸代理服務“高扣低征”問題得到解決。

2016年5月1日，全面推開營業稅改征增值稅試點，建筑業、房地產業、金融業、生活服務業等全部營業稅納稅人，納入試點范圍。財稅〔2016〕36號文件中增加了無運輸工具承運業務的定義，無運輸工具承運業務是經營者以承運人身份與托運人簽訂運輸服務合同，收取運費并承擔承運人責任，然后委托實際承運人完成運輸服務的經營活動。無運輸工具承運業務按照交通運輸服務(稅率11%)繳納增值稅;將貨物運輸代理服務歸類為“現代服務—商務輔助服務—經紀代理服務(稅率6%)”，并重新作了定義:貨物運輸代理服務是接受貨物收貨人、發貨人、船舶所有人、船舶承租人或者船舶經營人的委托，以委托人的名義，為委托人辦理貨物運輸、裝卸、倉儲和船舶進出港口、引航、靠泊等相關手續的業務活動。

例2:2016年5月1日后，甲公司委托乙公司運輸一批貨物，合同價稅合計10萬元。其中約定，運輸業務價稅合計9萬元，代理業務價稅合計1萬元。乙公司須再委托實際承運人丙公司完成運輸服務，支付8萬元。根據財稅〔2016〕36號文件規定，乙公司就其運輸業務，按交通運輸服務開具稅率為11%

的增值稅專用發票給甲公司，金額為9÷1.11=8.11(萬元)，稅額為8.11×11%=0.89(萬元);就代理業務按商務輔助服務開具稅率為6%的增值稅專用發票給甲公司，金額為1÷1.06=0.94(萬元)，稅額為0.94×6%=0.06(萬元);而乙公司可從丙公司取得按交通運輸服務11%的稅率開具增值稅專用發票，金額為8÷1.11=7.21(萬元)，稅額為7.21×11%=0.79(萬元)。此項業務，乙公司銷項稅額0.89+0.06=0.95(萬元)，進項稅額0.79萬元，應納增值稅0.95-0.79=0.16(萬元)。

財稅〔2016〕36號文件的出臺，雖然能破解行業“高扣低征”的難題，但從例2不難看出，乙公司仍可通過降低運輸收入、提高代理收入來達到少繳稅款的目的。要根本解決問題，還需進一步完善稅制，簡并稅率，降低不同行業稅率差，才能在真正意義上解決多檔稅率帶來的“高扣低征”等難題，有效發揮增值稅的中性原則，體現稅制的公平和效率。