過境、轉運和通運貨物的通關流程如下

過境貨物是指以某種運輸工具從一個國家的境外啟運，在該國邊境不論換裝運輸工具與否，通過該國家境內的陸路運輸，繼續運往境外其它國家的貨物。

在辦理通關手續時，進出境手續如下：

過境貨物的進境。過境貨物進境時，經營人應填寫“過境貨物入境報關單”向如精細海關申報，并提供過境貨物運輸單據(如貨物裝載清單、國際鐵路聯運貨物運單等)。入境地海關核實后，在有關運單上加蓋“海關監管貨物”戳記，將一份過境貨物入境報關單留存備案，另一份報關單和貨物裝載清單制作關封，連同運單交給經營人。經營人或承運人應將入境地海關簽發的關封完整及時的帶交出境地海關。

過境貨物的處境。過境貨物處境，經營人應填寫“過境貨物出境，經營人應填寫“過境貨物出境報關單”并提供過境貨物運輸單據和入境地海關簽發的關封。出境地海關核實后，在運單上加蓋放行章，監管貨物處境，并將一份過境貨物出境報關單寄送入境地海關核銷。

轉運貨物是指以某一種運輸工具從一國境啟運，在該國境內設立海關的地點換裝另一運輸工具后，不經過該國境內陸路繼續運往其它國家的貨物。

由于各國之間貿易或貨物的原因所產生的國際貨物轉運，又稱為“轉船”(國際貨物轉運大多為一艘船換裝到另一艘船，但不僅限于船舶換裝)。在海關合作理事會主持簽訂的《京都公約》的附約中，將這一類轉船業務定義為“在海關監督下，貨物從進口運輸工具換裝到出口運輸工具，其進口和出口均在一個海關范圍內辦理”。公約規定海關對轉船貨物免稅征進口關稅，并提供進出口手續的便利。

轉運貨物的通關手續如下：(準許辦理轉運貨物的范圍，具備下列條件之一的貨物可準予辦理轉運)

在有轉運貨物的運輸工具進境后，運輸工具負責人應填寫“外國貨物轉運準單”向海關申報，提供列命轉運貨物的名稱、數量、起運地和到達地等內容的“進口載貨清單”，經海核實時候，轉運貨物在海關監督下換裝運輸工具，并在規定時間內出境。

通運貨物是指以船舶或飛機裝載從一國境外啟運，經該國設立海關地點不換裝運輸工具，繼續運往其它國家的貨物。

通運貨物的海關手續為，裝載有通運貨物的運輸工具到達我國第一個口岸辦理國際運輸工具進境申報手續時，運輸工具負責人應在向海關申報的《國際航行船舶進口報告書》或“國際民航飛機進口艙單”上注明通運貨物的名稱、數量。海關對申報內容核實后，監管有關通運貨物出境。