馬士基船公司主要航線貫通全球。

亞歐航線

AE11 航次停靠青島、釜山、寧波、上海等多港，路線為青島出發，經釜山、寧波等，至新加坡后轉往瓦倫西亞等地，再經丹吉爾港、新加坡、鹽田后回青島；

AE12 航次從新港出發，途徑大連、釜山等，經新加坡、塞得港等歐洲港口后，再經丹吉爾港、新加坡回新港；

AE15 航次則以釜山為起始，經上海、寧波等，在新加坡后轉往塞得港等中東地區港口，再經阿布扎比等，最后經新加坡、蛇口回釜山。

亞洲 - 中東航線

海灣服務：自 2024 年 2 月 5 日起，掛靠塞拉萊、杰貝阿里等阿曼、阿聯酋、卡塔爾、沙特阿拉伯的多座港口；

阿拉伯海服務：從 2024 年 2 月 9 日開始，掛靠塞拉萊、杰貝阿里以及巴基斯坦、印度的部分港口并返回塞拉萊；

紅海 - 西地中海航線：于 2024 年 2 月 21 日起，掛靠埃及塞得港、沙特吉達港等，延伸至西班牙巴塞羅那、摩洛哥丹吉爾港等歐洲港口后再回塞得港；紅地中海服務：自 2024 年 2 月 18 日起，主要掛靠吉達、塞得港、丹吉爾港并循環。

亞洲 - 非洲航線

從上海港、寧波港等中國港口出發前往西非的拉各斯、阿比讓等主要港口。

跨大西洋航線

歐洲 - 北美航線：連接鹿特丹、漢堡等歐洲港口與紐約、諾福克等北美港口；

地中海 - 北美航線：從巴塞羅那、瓦倫西亞等地中海港口出發前往北美東岸和墨西哥灣沿岸港口。

國內及區域內航線

SH3 航線：從上海港出發，經廈門港、高雄港等，抵達孟加拉國吉大港，返程時在丹戎帕拉帕斯港可中轉至歐洲；

2023 年 3 月 20 日開通的丹麥比隆 - 中國杭州定期航班航線。